Алита просыпается, не помня, кто она, в будущем, которого она не узнает. Ее забирает к себе Идо - сочувственный врач, который понимает, что где-то в этой выброшенной на свалку оболочке киборга скрываются сердце и душа молодой женщины с чрезвычайным прошлым. Пока Алита учится ориентироваться в своей новой жизни и в улочкам Города Металлолома, Идо пытается оградить девушку от ее таинственного прошлого, но новый друг - уличный парень Ґьюго , напротив, предлагает помочь оживить ее память. 

Впрочем, только когда за Алитой приходят безжалостные коррупционеры, которые управляют городом, она находит ключ к разгадке своего прошлого: девушка обладает уникальными боевыми навыками, ради обуздания которых чиновники не остановятся ни перед чем. Если Алита не попадет в их руки, она может сыграть ключевую роль в спасении своих друзей, семьи и того мира, который научилася любить с детства.