Действие "Эволюции Борна" разворачивается примерно в то же самое время, что и действие "Ультиматума Борна" - точнее, в те дни, когда журналист Саймон Росс (Пэдди Консидайн) узнает о программе "Блэкбрайар", цель которой - создание идеальных убийц, слепо исполняющих приказы ЦРУ. Благодаря действиям Джейсона Борна и Памелы Лэнди (Джоан Аллен) этот заговор раскрывается, и о программах "Тредстоун" и "Блэкбрайар" узнает широкая общественность. Но и "Тредстоун", и "Блэкбрайар" - лишь капля в море. На самом деле существует много других секретных программ, и разоблачение одной из них грозит разоблачением всех остальных. Руководитель этих программ полковник Байер (Эдвард Нортон) решает уничтожить все нити, которые могут привести участников расследования к остальным программам. Среди этих нитей - агент Кросс, участник операции "Исход" (Джереми Реннер) и доктор Марта Ширинг (Рэйчел Вайс), одна из ученых, работающих над составом препарата, модифицирующего поведение агентов. Убрать Кросса и Марту сразу не удается. Более того, они находят друг друга и вдвоем начинают борьбу против всего ЦРУ...