История рассказывает о героических усилиях криптозоологического агентства «Монарх» по сдерживанию гигантских монстров. В этот раз против могучего Годзиллы выступают Мотра, Родан и ультимативный кайдзю — трёхголовый монстр Кинг Гидора. Когда эти древние суперхищники, которые с течением времени превратились в полузабытые легенды, восстают снова, чтобы сойтись в противостоянии, человечеству только и остается, что отойти в сторону и стараться не погибнуть.